Dalam rangka mewujudkan madrasah mandiri berprestasi serta madrasah hebat, bermartabat, dan bersahabat, MTs Negeri 3 Wonogiri memiliki tagline “Matsaga Kinclong”  Madrasah Negeri 3 yang kreatif, inovatif, cerdas, loyal, dan unggul. Untuk mewujudkan cita Kinclong tersebut MTsN 3 Wonogiri melaksanakan berbagai program. Program yang dilaksanakan meliputi program yang terkait dengan ibadah, program akademik serta ekstrakurikuler.

Program ibadah meliputi pembinaan baca tulis Alquran (BTA) selama 30 menit setiap hari sebelum KBM dengan target setiap lulusan MTsN 3 Wonogiri kelak minimal bisa membaca Alquran dan mampu menghafal 15 surat pendek. Selain itu pembinaan shalat melalui pembelajaran dan pemantauan ibadah shalat baik wajib maupun sunah secara intensif.

Adapun program pembinaan bidang akademik dilaksanakan dengan membentuk kelas program khusus tahfidz serta kelompok-kelompok unggulan seperti kelompok olimpiade sains, bahasa, PAI, dan kewarganegaraan. Pembentukan kelas tersebut diawali dengan tabulasi minat dan bakat (passion) siswa  dilanjutkan pengelompokan. Pembinaan olimpiade dikoordinir bidang kurikulum dan kesiswaan, kepala laboratorium, kepala perpustakaan, dan dibimbing kelompok guru MGMP. Pengembangan potensi siswa dalam kelompok olimpiade ini dilakukan dengan aktif mengikuti berbagai lomba olimpiade baik daring maupun luring. Hal tersebut dimaksudkan untuk mendorong siswa aktif berkompetisi, memiliki wawasan luas, sekaligus berprestasi.

Sementara itu untuk mewadahi potensi siswa dalam bidang nonakademis dilaksanakan melalui kegiatan ekstrakurikuler dengan menjalin kerja sama dengan lembaga pelatihan/instansi professional agar lebih terarah dan mampu berprestasi. Potensi siswa dalam berbagai bidang nonakademik jika sesuai passion, diikuti latihan yang disiplin dan terarah niscaya akan mampu dikembangkan secara maksimal.

Berbagai program baik akademik, ibadah, maupun ekstrakurikuler yang dilaksanakan secara serius tersebut tidak terlepas dari harapan bahwa lulusan MTsN 3 Wonogiri harus memenuhi kualifikasi yang ditetapkan. Lulusan MTsN 3 Wonogiri harus bisa membaca Alquran, melaksanakan shalat dengan baik dan tertib, serta memiliki satu keunggulan sesuai dengan passionnya. Kualifikasi tersebut tentu sudah memenuhi kriteria kreatif, inovatif, cerdas, loyal, dan unggul. Insyaalllah. (Kwt)